RM8375用于测序性能的微生物基因组(NIST)

RM8375用于测序性能的微生物基因组(NIST) 旨在用于微生物全基因组测序的验证、优化、过程评估和性能评估。特别注意评估基因组序列。该材料旨在帮助评估高通量微生物 DNA 测序方法的性能。该基因组 DNA 已从细胞培养物中提取。因为 RM 是提取的 DNA，所以它不评估 DNA 提取等分析前步骤。然而，它确实对测序文库制备、测序机器、碱基调用算法和随后的生物信息学分析提出了挑战。此 RM 并非旨在评估其他生物信息学步骤，例如菌株鉴定、系统发育分析或基因组注释。基因组 DNA 的纯度被评估为适合这些目的。

规格：

 RM 8375 的一个单元由四个小瓶组成。每个小瓶包含不同的微生物基因组 DNA 样本（MG-001 鼠伤寒沙门氏菌 LT2、MG-002 金黄色葡萄球菌、MG-003 铜绿假单胞菌和 MG-004 产孢梭菌）。

信息值：

目前为全基因组序列提供信息值，以实现对变异调用的性能评估。信息值被认为是 RM 用户感兴趣和使用的值，但没有足够的信息来评估与该值相关的不确定性。

储存和使用说明

储存：RM8375用于测序性能的微生物基因组(NIST) 在 NIST 的 –20 °C 温度下储存，但将与冷冻包装一起运输，并且可能不会冷冻到达。收到后，RM 8375 应在 –20 °C 的黑暗中长期储存，或在 4 °C 的黑暗中短期储存（如果使用时间可能在大约 8 周内）。

用途：建议使用基因组序列来评估变异调用的准确性，而不是基因组组装，因为正交测量方法对基因组序列结构存在分歧，并且无法解决差异。由于与用于评估碱基调用准确性的方法相关的复杂性以及基因组序列中的潜在错误，强烈建议用户手动检查具有高碱基调用错误率的推定区域周围的对齐读数。参考文献 3 概述了评估微生物基因组中变异调用的最佳实践。

这些组件基于来自多种测量方法的数据；我们使用多种正交方法对材料进行了评估，以尽量减少与各个平台相关的系统误差的影响。这些数据可在国家生物技术信息中心 (NCBI) 序列读取档案 (SRA) 中以生物样品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分别为 MG-003 和 MG-004 [4]。随着测序技术和分析方法的改进，基因组序列将更新并在 Github 站点上可用（参见上文“信息价值"）。新版本号将指示更新的基因组序列以及描述更改的文本文件。在参考基因组中发现错误的用户可以将他们的结果发布在参考 5 所示的网站上，确认的错误将被纳入下一次序列更新中。